一架27日从英国返台的航班114名旅客中已有3人确诊，引发岛内恐慌。台“中央流行疫情指挥中心”指挥官陈时中30日证实，在这趟航班上发烧的确诊少年经基因比对，确定感染在英国发现的变异病毒。这也是全台首例在英国发现的变异病毒感染者。

台“总统府”迅速宣布元旦升旗典礼有两项调整：一是取消民众进场观礼，仅剩当局官员和受邀宾客现场观礼;二是原定元旦当天上午9时至下午4时的“总统府”开放参观活动，也因防疫考虑而取消。台“外交部”称，考虑到国际新冠肺炎疫情仍然严峻，台湾自2021年1月1日零时起(当地搭机时间)，限缩非台籍人士入境及严格检疫规定，外籍人士须符合相关条件，包括持台湾居留证、来台事由为“外交公务”“商务履约”或“人道考虑”，台湾人以及持台湾居留证者的配偶及未成年子女才能入境。台湾民众的外籍、陆港澳籍配偶和未成年子女以及经项目许可者不在此限。此外从2021年1月1日起，暂停经台湾转机。

国民党“立委”郑正钤12月30日发文称，无论是英国航班防疫规格低于武汉，还是网络上质疑“英国的大明可以来，大陆的小明(主要指台湾人的大陆籍配偶之前婚姻所生的大陆籍子女)不能来”的双重标准，以及相较武汉临时航班返台有一人确诊就关闭陆港澳边境，英国返台航班3人确诊，却仍然没有禁止英国航班入境的作为，都凸显民进党当局在防疫上的标准不一。一直为大陆台商积极奔走的徐正文也痛批蔡当局“双标”，他举例称，今年3月12日第二次武汉临时航班，一名孕妇因怀孕体温过高登机遭拒，一家三口全部下飞机，但从英国返台的乘客发烧却没有被拒绝登机，根本是把所有乘客置于危险之中。